Hiragana được phát triển từ man'yōgana (万葉仮名), tức là những chữ Hán được dùng để biểu diễn cách phát âm của người Nhật, bắt đầu hình thành từ thế kỷ thế 5. Dạng chữ hiragana bắt nguồn từ thảo thư của chữ Hán. Hình ở dưới là sự diễn hoá từ chữ Hán thành hiragana (đọc kiểu dọc theo thứ tự "a, i, u, e, o", hàng "a, ka, sa, ta, na, ha, ma, ya, ra, wa, n" từ phải sang trái). Ở phía trên là chữ khải thư, ở giữa màu đỏ là thể thảo thư của chữ, và ở dưới là hiragana tương đương.

Khi mới được tạo ra, hiragana không được mọi người chấp nhận. Nhiều người vẫn giữ quan điểm chỉ có chữ Hán là thứ chữ đáng học của giới thượng lưu. Ngoài ra nam giới Nhật Bản thời cổ đại khi viết thì chuộng chữ chân phương cứng cáp, gọi là onode (男手 nam thủ), còn nữ giới thì thích dạng chữ thảo. Hiragana với dáng chữ tròn trịa, mềm mại được phụ nữ ưa chuộng nên công luận càng cho rằng hiragana là thứ chữ thấp hèn của đàn bà, trẻ con, hay những người thất học mới dùng tới. Từ đó, xuất hiện một danh từ nonnade (女手 nữ thủ) để chỉ lối chữ này. Dù bị khinh rẻ, hiragana lại là lối chữ dùng trong tác phẩm Truyện kể Genji (源氏物語 Nguyên Thị vật ngữ), một tuyệt tác văn chương rất sớm của Nhật Bản. Những tác phẩm tiểu thuyết khác do phụ nữ sáng tác đều dùng hiragana cả.

Tác giả nam giới bắt đầu viết văn sử dụng hiragana. Higarana, với kiểu mềm của nó, được dùng như các tác phẩm viết không chính thức như thư cá nhân, trong khi katakana và kanji thường dùng cho những văn bản chính thức. Gần đây, hiragana đã được dùng chung với chữ katakana. Katakana được chuyển sang dùng cho các từ mượn gần đây (từ thế kỷ thứ 19), các tên chuyển ngữ, tên con vật, trong điện tín và để nhấn mạnh.

Ngày xưa, tất cả các âm thanh đều có nhiều hơn một hiragana. Vào năm 1900, hệ thống đã được đơn giản hóa sao cho mỗi âm chỉ có một hiragana. Hiragana khác được biết đến như hentaigana (変体仮名).